公 告金額以上之委託研究，如採公開評選或最有利標決標辦理招標，依「採購評選委員會組織準則」第二條應於招標前成立採購評選委員會，由專家學者訂定或審定招 標文件之評審標準。評選項目得包括：過去類似研究之表現、專業地位及聲譽、專業能力、設備、管理、估價之合理性、風險的評估、個案的瞭解程度、研發方法及 理念等；不確定性高，只有構想、方向的研究案得僅就方向撰擬招標文件，由研究者依「行政院所屬各機關委託研究計畫管理辦法」第八條自行提出計畫書。
評選委員會得依該辦法第六條審酌主持人研究能力外，亦得針對建議書或計畫書之具體性、完整性、前瞻性及可行性列入評比項目。
公開評選時，由具專業之專家學者參與評選，依招標文件規定之評審項目及標準，公正客觀評選出整體表現最優或對機關最有利者，以避免機關循私洽特定對象之不合理情形。
對於同一年度內以評選方式辦理性質相近之採購，亦得依工程會八十九年三月十六日(八九)工程企字第八九ＯＯ五八五八號函釋規定僅成立一採購評選委員會統籌辦理評選，並由該委員會預先訂定或審定通案適用之評審標準者，得免另於個案招標前召開會議訂定或審定之。
如 基於特殊研究標的，而依採購法第二十二條第一項第五款規定辦理評比者，為避免由學者提送資料造成困擾，機關得依據「投標廠商資格與特殊或巨額採購認定標 準」第四條第一款規定，要求具研究能力之學者或研究機構提出「曾完成與招標標的類似之證明」；或依第三款規定，要求提出「具有專業、專技證書」等證明文 件。特殊或巨額(二千萬元以上)之委託研究，得訂定特定資格，包括該標準第五條第一項第一款「具有相當經驗或實績」、第二款「具有相當人力」、第四款「具 有相當設備」等資格條件逕行評比作成紀錄，擇最優勝者報上級機關核准後議價，或擇二家以上研究機構比價。
訂 定底價確有困難之特殊或複雜案件或以最有利標決標之研究案，依採購法第四十七條第一項規定得不訂底價，並得依同條第二項規定由研究者自行詳列報價內容。機 關則依採購法施行細則第七十五條第一項由評審委員會(得由評選委員會代之)先審查標價後，提出建議金額，以作為減價之依據。但標價合理者，得不提出建議金 額，只要在預算金額內即照價決標。
評 選優勝者時，得依「最有利標評選辦法」，採固定費率或費用法，評定優勝者後即辦理決標，無需就價格另行議價。採限制性招標辦理議價者，依採購法施行細則第 五十四條第三項規定，應參考研究者之報價或估價單後訂定底價，報價合理且無減價可能者，即得依其報價訂定底價辦理決標。
為廣泛徵求不同的研究構思，提高研究功能、效益，亦可於徵選或招標時允許研究者依採購法第三十五條提出不同之替代方案一併參與評選。