政府採購法(以下簡稱採購法) 第7條明定「研究發展」為「勞務採購」。因此，採購法於88年5月27日施行後，機關委外辦理之研究發展案，均須適用採購法辦理招標，作業雖較以往公開、透明、公平、合理，但機關得逕洽特定對象辦理之空間相對亦受到壓縮，加上部分機關未能顧及研發特性及善用採購法之彈性作業規定，因循以往採購有形財之傳統作業方式辦理招標，致受到影響的學者、專家嘖有煩言，甚至認為各機關將學術研究商業化，把學者當商人看待，踐踏學者尊嚴等。
為解決上述缺失，行政院公共工程委員會(以下簡稱工程會)除加強辦理宣導外，並廣邀產官學界代表多次研討後，於91年2月6日修正採購法，增列第22條第1項第13款委託在專業領域具領先地位之自然人或經公告審查優勝之學術或非營利機構進行科技、技術引進、行政或學術研究發展，得採限制性招標之規定，並配合訂定「機關委託研究發展作業辦法」（以下簡稱研究辦法）。行政院國家科學委員會（以下簡稱國科會）並於94 年 1 月 19 日修正科學技術基本法（以下簡稱科技法）第6條，明定公立學校、公立研究機關 (構) 、法人或團體接受科技法第6條第1項政府補助辦理科技研發採購，除我國締結之條約或協定另有規定者外，不適用採購法。
茲為避免各機關人員，因不熟悉法令，以不合宜之作業方式辦理委託研究發展案，造成與受託者間之對立，或無法兼顧研發特性影響辦理成效，爰編撰本作業手冊，期能釐清機關人員在辦理委託研究案時之適法疑義，使其能善用法令，達成提升研發品質及效率之目標。