媒體關心大旱彰雲地區地下水抽取量大增，恐加劇地層下陷，影響高鐵行車安全。工程會表示，為防治地層下陷，經濟部於92年4月即特設地層下陷防治推動委員會，對此議題行政院甚為重視，亦於108年由吳政務委員澤成召集「地層下陷防治專案平台」，統合相關部會持續推動防治計畫。20年間，讓彰雲地區下陷面積從90年1,018.5平方公里降至109年104.7平方公里，大幅減少9成，防治已見具體成效。
工程會指出，行政院重視地層下陷問題，經經濟部會同農委會、交通部及內政部等相關部會，採行減抽地下水增供地面水、地下水環境復育、加強地層下陷監測管理及國土規劃等四大措施，持續推動各項防治工作，全台地層下陷面積從 90 年 1,529.2 平方公里已減少至 109 年 105.6 平方公里，即近 20 年間下陷面積大幅減少超過9成，下陷情勢已明顯控制。
另工程會表示，高鐵公司自96年高鐵通車營運迄今，除持續辦理監測作業外，並主動進行預防性維護工程。根據高鐵公司多年監測結果顯示，沿線因「差異沉陷」存在風險共有4處，分別在：彰化溪州路段(TK203)、雲林車站(TK218)、跨越雲158縣道處(TK221)以及跨越台78快速道路處(TK224)，然根據106-109年近4年監測報告，上列4處之沉陷量逐年遞減或持平，且橋墩間角變量，均在安全容許範圍內，高鐵營運安全無虞。