中央機關(委託機關)委託其他中央機關(代辦機關)代辦公共工程計畫內個案工程時，如雙方已協議由代辦機關代行基本設計階段審議事宜，則有關審議作業要點第6點中所規定之經費門檻，依代辦機關之主管部會所屬款次認定；反之，如雙方未於協議中約定基本設計階段審議權責，仍以委託機關之主管部會所屬款次認定。
例如：衛福部委託內政部營建署代辦某公有建築，代辦協議中包含設計審查亦由營建署負責，依審議作業要點第6點第1項第2款，如工程建造經費達4億元以上者，應送工程會審議；未達4億元者，由內政部自行建置審查機制負責審查。
至中央機關委託地方政府代辦個案工程時，皆應依審議作業要點第6點規定辦理基本設計階段審議，無涉委託代辦協議內容。