(一)異議申訴是政府採購法賦予廠商之救濟途徑 (採購法第六章)；而稽核監督則著重於行政體系內部之查察與處理。
(二)異議申訴之提起，原則須在法定期限內為之 (採購法第七十五條及第七十六條)；但稽核小組對於民眾、廠商檢舉或媒體關切之案件，無論採購進行至何階段，都應予受理。
(三) 申訴需繳費 (採購申訴審議收費辦法)，稽核監督則不收取任何費用。
(四)異議申訴就廠商異議內容或申訴請求處理：但稽核監督，通常不以檢舉內容為限。
(五)經申訴審議委員會審議判斷指明原採購行為違反法令者，廠商得向招標機關請求償付準備投標、異議及申訴所支出之必要費用 (採購法第八十五條第三項)。但稽核監督結果縱使機關有違反法令，廠商亦不得求償。
(六)廠商提出之檢舉，如係為確保其權益之救濟，而非以打擊黑金、檢舉不法為目的，宜通知其循異議申訴管道救濟。