你的問題是乙方設計錯誤，甲方對於乙方的懲罰及賠償的問題，這是技術服務的契約問題，應該是屬於勞務類而非工程類。
你認為你的設計錯誤，只要賠償甲方所遭受的損害，而不必遭受懲罰，事實上以工程會的技術服務契約範本為例，除了「損害賠償」，也有訂「懲罰性違約金」，摘錄如下:(你再檢視你們自己的契約看看)
第十四條 權利及責任
八、 因可歸責於一方之事由，致他方遭受損害者，一方應負賠償責任，其認定有爭議者，依照爭議處理條款辦理。
（一） 損害賠償之範圍，依民法第216條第1項規定，以填補他方所受損害及所失利益為限。□但非因故意或重大過失所致之損害，契約雙方所負賠償責任不包括「所失利益」（得由甲方於招標時勾選）。
（二） 除懲罰性違約金、逾期違約金及第9款之違約金外，損害賠償金額上限為：（甲方欲訂上限者，請於招標時載明）
□契約價金總額。
□契約價金總額之＿＿倍。
□契約價金總額之＿＿％。
□固定金額＿＿＿元。
九、 甲方依乙方履約結果辦理採購，因乙方計算數量錯誤或項目漏列，致該採購結算增加金額與減少金額絕對值合計，逾採購契約價金總額百分之五者，應就超過百分之五部分占該採購契約價金總額之比率，乘以契約價金規劃設計部分總額計算【違約金】。但本款累計違約金以契約價金總額之百分之十為上限。本款之「採購契約價金總額」，係指依乙方履約結果辦理工程採購決標時之契約價金總額。