工程竣工逾期，請問逾期違約金如何計算？
(契約)第十七條 遲延履約
一、逾期懲罰性違約金，以日曆天為單位，應按逾期日數，每日依本契約價金總額（本契約第3條附件第1款金額）1‰計算逾期懲罰性違約金，所有日數(含投標文件截止收件日前未可得知之放假日)均應納入。因可歸責於乙方之事由，致終止或解除契約者，逾期違約金應計算至終止或解除契約之日止。
(一)乙方如未依照本契約所訂履約期限竣工（包括併入逾期未改正部分），自該期限之次日起算逾期日數。
(二)初驗或驗收有瑕疵，經甲方通知乙方限期改正，自契約所定履約期限之次日起算逾期日數，但扣除以下日數：
１.履約期限之次日起，至甲方決定限期改正前歸屬於甲方之作業日數。
２.契約或主驗人指定之限期改正日數。
(三)未完成履約/初驗或驗收有瑕疵之部分不影響其他已完成且無瑕疵部分之使用者(不以甲方已有使用事實為限)，按未完成履約/初驗或驗收有瑕疵部分之契約價金，每日依其＿‰（未載明者，為3）計算逾期違約金，其數額以本款前段「每日依本契約價金總額」計算之數額為上限。
本案履約情形：
履約期限112/11/08
確認竣工112/11/16 (竣工日112/11/16)，逾期8天
初驗112/12/11 (限期改善112/12/25)，廠商申報完成改善112/12/25
初驗之複驗112/12/25，複驗合格
正驗113/01/10 (限期改善113/01/24)，廠商申報完成改善113/01/24
正驗之複驗113/01/26，驗收合格
請問逾期天數計算方式何者才是正確？
(一)11/09~11/16，計8天
(二)11/9~11/16+12/12~12/25+01/11~01/24，計36天
如果採計(二)，是不是8天用第1項1‰計算逾期違約金，28天用第1項第3款3‰計算逾期違約金，但有瑕疵部分之契約價金很難計算，應如何處理？因為瑕疵部分為加強清潔、補交書面證明文件(例如材料出廠證明)、泥作收邊(不平整)、螺絲固定不牢固(晃動)等。