臺東富岡漁港災後復建工程及交通船碼頭改善工程多次流標，影響富岡港安全及發展，行政院工程會於公共建設督導會報特別列管追蹤，主任委員吳澤成並於107年12月12日邀請具海事工程經驗之專家及業者一同前往現地勘查。
吳主任委員表示，勘查後發現新沉箱施作方式、原有受損沉箱底板清除、兩項工程併標後之設計未確實整合等關鍵問題，且沉箱製作場地規劃於花蓮船塢施作，造成限制條件，恐影響廠商投標意願，已要求臺東縣政府做好招標內容整合工作，並建議招標文件應把可行設計方案敘明清楚，並以最可行最合理之方案做為預算編列之基礎，俾利順利完成發包。
為解決長久以來富岡港區泊船空間不足、動線紊亂、漁商混雜等問題，行政院105年3月24日核定交通部「富岡港交通船碼頭改善計畫」，總經費7.17億元，由該部補助臺東縣政府興建南防波堤、南護岸、增建客運碼頭、填築客運專區新生地等港灣工程，並做為後續興建客運中心建築工程之基礎，惟水域工程歷經106年12月22日至107年2月9日招標4次均流標。此外，104年8月蘇迪勒颱風過後，港區東防波堤堤頭1號沉箱嚴重斷裂、防波堤堤面及胸牆崩落、導航燈塔傾斜損壞，其後又經105年強颱莫蘭蒂侵襲，東防波堤2號沉箱相繼破損，行政院106年1月17日函核定補助經費3.24億元復建，並經106年9月7日至106年12月5日招標4次均流標，經臺東縣政府檢討追加經費，近期報奉行政院同意於107年8月27日再增加經費0.3億元。
臺東縣政府表示，「富岡港交通船碼頭改善計畫之水域工程」及「富岡漁港災後復建工程」二項工程鄰近且交互影響，如災後復建工程沉箱未修復亦會影響碼頭施工安全，為擴大規模增加廠商投標誘因，縣府農業處採併案發包策略。惟併標後又歷經2次流標，經107年12月7日再次檢討流標原因，判斷主要係「富岡漁港災後復建工程」1、2號沉箱舊有底板結構難以拆除處置、無沉箱製作場地、東部海域工程風險高等原因，造成流標。
吳主任委員經現勘瞭解後表示，本案關鍵因素在於沉箱施作方式與災修工程1、2號沉箱底板清除的問題，並涉及兩項併標工程沉箱隔艙大小、混凝土設計強度不一致等問題，恐造成施工廠商之困擾，已提醒臺東縣政府要求兩標案之設計顧問公司確實做好相關整合的工作，並建議招標文件應把相關可行設計方案敘明清楚，並以最可行最合理之方案做為預算編列之基礎。
此外，吳主任委員建議調整採購發包策略，可以類似統包方式辦理，即部分項目雖已有設計內容，惟在功能、安全、品質符合之前提下，可允許投標廠商提出可行方案，避免各廠商專業能力不同，因施工方式受限，影響廠商投標意願。