為解決公共工程於非第三級疫情警戒期間疫情衝擊，廠商申請展延工期及機關審認時之執行問題，工程會於111年10月3日提供「嚴重特殊傳染性肺炎非第三級疫情警戒期間公共工程展延工期或停工處理方式」，並獲各機關採用，有效解決紛爭。又為進一步解決營造公(協)會及廠商近期反映有舉證困難問題，工程會將朝契約雙方誠信基礎及從速、從簡之原則修正，以確保廠商合理權益。
受Covid-19疫情影響，衛生福利部110年5月15日發布第三級疫情警戒，促使許多企業推動居家辦公，減少跨區移動風險，全國公共工程進度亦因此遭受影響，隨即工程會110年6月18日訂定第三級警戒期間展延處理方式，就進行中之工程可展延第三級警戒期間1/2工期。110年7月26日第三級疫情警戒調降後，防疫管制措施已適度放寬，且全國各縣市、不同工程類型受疫情影響程度不同，第三級疫情處理方式已無法直接適用，惟仍有確診、隔離、家庭照顧需要而影響工進之情事，工程會在第三級疫情處理方式架構下，朝簡單、明確、易執行方向，於111年10月3日訂定非第三級疫情處理方式供各界執行參考。
工程會進一步說明，近期營造公(協)會及廠商反映，111年10月3日訂定之處理方式有舉證困難情形，工程會立即探究問題釐清癥結所在，於12月27日邀集相關機關、營造公(協)會開會討論，將以契約雙方誠信基礎及從速、從簡原則再予酌修，俾使執行順遂無礙。
工程會強調，於調查瞭解問題過程中，發現有對處理方式誤解情形，例如無法出工人員於確診日後之隔離期間天數未納入、誤以為進度超前案件不得申請或核准等，工程會就該情形規劃辦理教育說明會，以加強契約雙方權益保障。