為釐清水利署負責之「曾文水庫越域引水工程計畫」與莫拉克颱風期間「高雄縣甲仙鄉小林村、那瑪夏鄉、及桃源鄉嚴重災情」之關係，行政院公共工程委員會與國家災害防救科技中心合作，委託中國土木水利工程學會組成專案調查小組，於本（98）年10月16日及17日一行十餘人前往甲仙鄉小林村及那瑪夏鄉民生村、民權村、民族村進行現地勘查並與小林社區村民舉辦座談會，除獲得熱烈迴響外，小林社區民眾十分肯定行政院信守承諾進行調查，並積極提供第一手資訊，對還原事實真相幫助很大。
中國土木水利工程學會組成之專案小組由台灣大學土木學系名譽教授陳清泉領軍，小組成員包括國內隧道、大地、地質、水土保持、水利或水資源、土木及環境等工程領域學者專家15人外，並邀請奧地利與日本知名之隧道專家來台共同參與。
整個調查過程中為昭公信，已排除曾參與越域引水計畫之相關學者與專家，並將秉持公開、透明、專業之原則進行，並結合國內相關專業技術團體菁英共同提供諮詢與討論，包括土木技師公會、水利技師公會、水保技師公會、大地工程技師公會、應用地質技師公會、工程技術顧問公會等6大公會及甲仙鄉、那瑪夏鄉、桃源鄉與小林村等均已推派代表擔任諮詢成員共同參與。據工程會表示預計在明(99)年1月底前，將從技術面提出災區之致災原因研判結果及曾文越域引水工程對相關地區之影響公正客觀之評估報告與建議，除釐清事實外，並希望能夠避免類似不幸事件再發生。