機關採公開招標或選擇性招標，如係依採購法第五十六條規定採用最有利標方式決標時，應先確定採購標的有符合採購法第五十二條第二項「異質」之規定，並報經上級機關核准採最有利標，其辦理程序如下：（併請參見「最有利標評選辦法及最有利標決標流程圖」）（附件六）
於招標前成立採購評選委員會，訂定或審定評審標準，評審標準包括評審項目及各項之配分或權重，應載明於招標文件，評審項目有子項者，各項之配分或權重，得免載明於招標文件，但應於開標前備妥，否則即會有為特定廠商量身裁衣之嫌。
依據評審標準，評審各廠商之投標內容，評定其優劣，並計算評分結果。
依據招標文件所定方式如總評分法、評分單價法或序位法決定最有利標。
無法決定最有利標時，可採行協商措施，由機關個別與各投標廠商討論其投標內容之優缺點，再由廠商就招標文件規定可更改之項目重行遞送投標文件，供機關再次評選。此一程序可重複進行，直至選出最有利標為止。惟不得逾三次。