關於調解程序之進行，依採購履約爭議調解規則第11條第1項規定，調解事件經審查無不受理之情事者，由申訴會主任委員指定委員1人至3人為調解委員，並速定調解期日，通知當事人或代理人到場。另依同規則第12條及第14條，調解程序於申訴會行之，且以不公開為原則；就調解事件有法律上利害關係之第三人，調解委員得依職權審酌通知其參加調解程序。
調解委員進行調解時，應聽取當事人、具有專門知識經驗或知悉事件始末之人或其他關係人之陳述，並本於和平懇切之態度，對當事人為適當勸導，就調解事件酌擬平允之解決辦法，力謀雙方之和諧。
有關調解程序之處理期限，依上述規則第20條規定，調解事件應自收受調解申請書之次日起4個月內完成調解程序。但經雙方同意延長者，得延長之。