為簡化公共工程計畫審議流程,提升審議效率,行政院於98年12月23日核定本會研訂之「提升公共工程計畫及經費審議效率方案」,基於權責分明原則,由轄有工程專責執行機關或具有工程專業人力之部會依其業管工程性質,以不同審查之金額門檻自行負責所主管公共工程計畫基本設計階段之審查作業,其中各部會需提送工程會審議公共工程計畫基本設計階段之總工程建造經費概述如下:交通部為10億元以上,內政部、經濟部、農委會為4億元以上,其他部會為5千萬元以上。