為有效推動莫拉克颱風災後重建工程，落實執行工程進度之管控與查核，如期、如質完成各項重建工作，工程會研擬「莫拉克颱風災後重建工程推動及管控作業要點（草案）」，規定中央各目的事業主管機關之重建計畫及特別預算奉院核定後，後續推動及管控事宜，將於奉 院核定後頒行實施。
附表 莫拉克風災重建工程推動管控規定一覽表
| 項目 | 莫拉克風災重建工程推動管控規定 |
|---|---|
| 適用範圍 | 依據「莫拉克颱風災後重建特別條例」辦理之家園重建（包含生活重建及文化重建）、設施重建（包含行政機關辦公廳舍及公共設施工程重建）以及產業重建計畫所屬公共工程。 |
| 推動管控機制 | 1.每月15日前，計畫主管部會召開「公共建設推動會報」，檢討主管計畫執行情形，並協調解決困難問題。 2.每月底前，工程會召開「公共建設督導會報」，協調解決跨部會及通案性問題。並提報「行政院莫拉克颱風災後重建推動委員會」。 3.結合主管部會及地方政府各工程施工查核小組，每月查核工程進度品質 |
| 推動管控重點 | 1.採全生命週期里程碑控管，就工程標案核定、規劃設計、發包、施工等重要里程碑，訂定控管日期，全程掌握執行動態。 2.主管部會應於98年9月底前完成工程項目及預定時程之核定。 3.預算未達1千萬元之工程，應於立法院通過預算6至8個月內竣工。 4.預算在1千萬元以上未達5千萬元之工程，應於立法院通過預算1年內竣工。 5.預算在5千萬元以上之工程，竣工期限由主管部會視個案情形訂定。 |
| 獎懲機制 | 依「莫拉克颱風災後重建工程執行成效重賞重罰獎懲原則」辦理。 |
| 執行成果公告 | 各項重建工程執行成果，由工程會建置公開網頁，提供機關及民眾查詢。 |