莫拉克颱風重創臺灣，造成人民生命與財產重大損失，無論是鐵路、公路、橋樑、水利、電力、觀光設施等公共設施之重建、農、林、漁、牧業之損失，以及民眾死亡、失蹤之救助補償，為安全、有效、迅速推動莫拉克颱風災後重建工作，爰於98年8月28日頒定莫拉克颱風災後重建特別條例，其要點如下：
| 條次 | 重點說明 | 條次 | 重點說明 |
|---|---|---|---|
| 第1 條 | 立法目的及從優適用 | 第16條 | 災後營運困難產業或企業之認定及紓困措施與基準之訂定 |
| 第2 條 | 災後重建以人為本 | 第17條 | 災區租稅之減免 |
| 第3 條 | 災區定義及範圍 | 第18條 | 災區貸款擔保品之承受補助範圍 |
| 第4 條 | 各級政府重建推動委員會之設置 | 第19條 | 災後產業或企業貸款之展延 |
| 第5 條 | 重建計畫內容之提出 | 第20條 | 特定區域之劃定、安置措施及土地使用之取得 |
| 第6 條 | 經費來源辦理原則 | 第21條 | 安置所需土地變更之取得及限制 |
| 第7 條 | 利息補貼之範圍及方式 | 第22條 | 水利設施之改建或修護及洪氾區內土地使用之管制 |
| 第8 條 | 住戶淹水救助標準 | 第23條 | 重建工程涉及水利法之簡化程序 |
| 第9 條 | 生活重建服務中心之設立 | 第24條 | 重建工程涉及水土保持法之限制及排除 |
| 第10 條 | 受災者全民健保保費之支應 | 第25條 | 涉及重建工程之法規限制及排除 |
| 第11 條 | 受災者農民健保及國民年金保險保費之支應 | 第26條 | 災後廢棄物清理及環境污染防治設施改善期限免罰之適用 |
| 第12 條 | 受災者勞工保險及就業保險保費之支應 | 第27條 | 臨時醫療所之設置 |
| 第13 條 | 就業服務及臨時工作津貼 | 第28條 | 死亡證明書之核發及撤銷 |
| 第14 條 | 臨時性工作人員之投保 | 第29條 | 重建作業之權責依據 |
| 第15 條 | 優先僱用災區失業者之獎勵 | 第30條 | 施行日及施行期間 |