為使公共工程履約爭議能獲得快速、有效之解決，工程會研擬「行政院所屬各部、會、行、處、局、署、院對於所屬機關(構)公共工程履約爭議協處作業」(下稱協處作業草案)，刻正陳報行政院核定。

依據劉院長於98年1月23日「研商振興經濟新方案擴大公共建設投資計畫-提升公共工程執行能量及效率」會議裁示，各部會亦應自行建立履約爭議協調機制，督導所屬機關快速解決爭議，因此，工程會研擬上開協處作業草案，以強化行政院所屬各部、會、行、處、局、署、院等二級機關對於所屬機關(構)之採購爭議進行瞭解並予以協處。

協處作業草案主要內容摘述如下：

(一)行政院所屬各部、會、行、處、局、署、院應成立「公共工程履約爭議處理小組」(下稱爭議處理小組)以瞭解並協處其所屬機關(構)之公共工程履約爭議。

(二)爭議處理小組與所屬機關(構)及廠商進行協處程序前，應先行審視契約內容及履約、驗收紀錄等各項文件，並研提處理方向。

(三)爭議處理小組應就所屬機關(構)所涉爭議展開瞭解，如經分析研判，認定所屬機關(構)亦有契約執行不當之處，應請該所屬機關(構)改正；如無法釐清相關事實、爭點及契約責任者，並應邀集所屬機關(構)與廠商共同協商。

(四)爭議處理小組應就協處過程與結果製作書面文件，並簽報首長或經授權之高階人員。

(五)上開協處結果如對爭議有所解決者，應要求所屬機關(構)儘速辦理；如未能解決者，得依政府採購法第85條之1第1項辦理。以上處理結果，所屬機關(構)均應陳報爭議處理小組，俾供追縱後續情形。

按政府採購法第85條之1第1項規定，機關與廠商因履約爭議「未能達成協議」者，得向申訴會申請調解。惟實際上常發現機關對廠商之爭議未進行協議，即逕要求廠商直接向申訴會申請調解，以致機關不清楚爭議所在，造成爭議之擴大與延長，而其上級機關亦未能發揮協助與監督之效。工程會表示，該協處作業草案之內容，亦是落實政府採購法第85條之1規定之精神，並期藉此使機關能夠正視對於工程採購履約之處理，以有效、快速解決公共工程履約爭議。